Hayatını kuklacılık yaparak kazanmaya çalışan Craig, maddi zorluklarla mücadele eden sıradan bir adamdır. Eşi Lotte'nin çalıştığı pet shop'taki tuhaf hikâyeleri ise evdeki huzuru iyice azaltmaktadır. Yeni bir işe başlamasıyla hayatında farklı bir dönem açılır. İş yerinde keşfettiği gizli bir geçit, onu doğrudan John Malkovich'in zihnine ve bedenine ulaştırır. Gerçeklik ile hayal arasındaki sınırların bulanıklaştığı bu sıra dışı macera, Craig'in hayatını beklenmedik bir yöne sürükler.
