Ölüm cezasına çarptırılan Callum Lynch için her şey sona ermek üzereyken, Abstergo Industries'in gizemli projesi hayatının yönünü değiştirir. Şirket, Animus adı verilen bir teknoloji sayesinde insanların genlerinde bulunan atalarının anılarına ulaşmaya çalışmaktadır. Callum da bu deney için seçilir ve kısa süre sonra kendisini yüzyıllar öncesine uzanan bir hikâyenin içinde bulur. Callum, 15. yüzyıl İspanya'sında yaşayan Aguilar de Nerha'nın soyundan geldiğini keşfeder. Animus aracılığıyla Aguilar'ın anılarını yaşayan Callum, onun sahip olduğu savaş yeteneklerini de kazanmaya başlar. Böylece kendisini geçmişten günümüze uzanan gizli bir savaşın içinde bulur. Suikastçiler ile onların kadim düşmanları Tapınakçılar arasındaki mücadele yeniden alevlenirken Callum, hem kendi geçmişinin sırlarını çözmek hem de günümüzdeki tehditle yüzleşmek zorunda kalır.